La loi régionale n. 3 de 2011 - qui a abrogé les dispositions précédentes remontant à 1991 - établit que le Conseil dispose de la totale autonomie du point de vue fonctionnel, organisationnel et comptable.

Les organes internes de l'Assemblée sont les suivants: le Président du Conseil, le Bureau de la Présidence, la Conférence des chefs de groupe, les Commissions du Conseil.

Le Président du Conseil représente le Conseil de la Vallée, le préside et en est l'orateur officiel. Il convoque le Conseil, ouvre, suspend et lève les séances, veille à leur ordre, donne la parole aux conseillers, dirige et modère les débats, impose l'observation du règlement, présente les questions, annonce le résultat des scrutins, organise les débats et veille à leur bon déroulement.

Le Président est assisté par les deux Vice-Présidents et les deux Secrétaires du Conseil, qui collaborent avec lui et le remplacent en cas d'absence ou d'empêchement.

Le Bureau de la Présidence est l'organe de gouvernement de l'Assemblée, avec des fonctions afférentes à divers secteurs, au regard surtout de l'autonomie fonctionnelle et comptable du Conseil. Le Président, les Vice-Présidents et les Conseillers Secrétaires forment le Bureau du Conseil.

La Conférence des Chefs de Groupe se compose des Chefs de groupe du Conseil et est présidée par le Président du Conseil régional.

Parmi ses compétences, fixer le programme et le calendrier des travaux du Conseil et, éventuellement, des Commissions; exprimer ses indications au Conseil pour la répartition des sièges au sein des Commissions permanentes, spéciales et d'enquête entre les différents groupes du Conseil; l'examen des questions politiques les plus importantes. Les Groupes du Conseil font partie de l'organisation intérieure du Conseil et ils se composent de conseillers réunis sur la base de leur appartenance politique. Chaque groupe élit son chef de groupe qui participe à la Conférence des Chefs de groupe. Les groupes du Conseil de la XIIIe législature sont six: Alpe, Fédération Autonomiste, Il Popolo della Libertà, Partito Democratico, Stella Alpina-UdC-VdA, Union Valdôtaine.

Les Commissions du Conseil sont cinq: il s'agit d'organes collégiaux restreints qui exercent, par rapport à l'assemblée plénière, des fonctions de préparation, selon le principe d'après lequel une assemblée élective ne peut discuter des projets de loi sans un examen préalable des questions et sans un rapport des Commissions. Les Commissions se réunissent pour exprimer leur avis et pour être consultées. Les séances des commissions ne sont pas publiques, mais, dans des cas particuliers ou quand on traite des arguments de considérable intérêt général, les commissions peuvent décider que les séances soient ouvertes au public.

Au sein du Conseil de la Vallée il y a aussi la Commission pour le Règlement, organe composé d'un représentant de chaque groupe du Conseil et présidé par le Président du Conseil. Parmi ses compétences, il y a la proposition de modifications au Règlement intérieur du Conseil qui s'avèrent nécessaires, ainsi que l'interprétation du Règlement lui-même.

Au cours de 2012, deux Commissions spéciales ont été constituées : la Commission spéciale pour l'examen du phénomène des infiltrations mafieuses en Vallée d'Aoste, nommée par le Conseil régional le 22 février 2012, et la Commission spéciale pour la redétermination des orientations programmatiques du système de gestion des déchets, instituée le 5 décembre 2012.

Bureau de la Présidence. Du 1er janvier au 7 décembre 2012, le Bureau de la Présidence s'est réuni 27 fois, pour un total de 24 heures et 45 minutes, en adoptant 180 délibérations.

Au cours de 2012, la Conférence des Chefs de groupe s'est réunie 25 fois, pour un total de 9 heures et 30 minutes.

L'activité des Commissions permanentes ainsi que des Commissions spéciales
est illustrée dans la section «Activité des Commissions» du chapitre dédié à «L'activité du Conseil».