L'autonomia funzionale, organizzativa e contabile del Consiglio è sancita dalla legge regionale n. 3 del 2011, che ha abrogato la precedente normativa del 1991.

Gli organi interni dell'Assemblea sono: il Presidente del Consiglio, l'Ufficio di Presidenza, la Conferenza dei Capigruppo, le Commissioni consiliari.

Il Presidente del Consiglio rappresenta il Consiglio regionale, lo presiede e ne è l'oratore ufficiale. Convoca il Consiglio, apre, sospende, chiude le sedute e ne mantiene l'ordine, concede la facoltà di parlare ai singoli consiglieri, dirige e modera le discussioni, impone l'osservanza del Regolamento interno, presenta le questioni, annuncia il risultato delle votazioni, predispone e provvede per il buon andamento dei lavori del Consiglio. Il Presidente è assistito da due Vicepresidenti e da due Segretari del Consiglio che collaborano con lui e lo sostituiscono in caso di assenza.

L'Ufficio di Presidenza è l'organo di governo dell'Assemblea, con competenze in vari settori, soprattutto in considerazione dell'autonomia funzionale e contabile del Consiglio. E' formato dal Presidente, dai Vicepresidenti e dai Consiglieri Segretari.

La Conferenza dei Capigruppo è costituita dai Capigruppo consiliari ed è presieduta dal Presidente del Consiglio regionale. Tra le sue competenze, vi sono la determinazione del programma e del calendario dei lavori del Consiglio ed eventualmente delle Commissioni consiliari, le indicazioni al Consiglio per la ripartizione dei seggi tra i vari Gruppi all'interno delle Commissioni consiliari permanenti, speciali e d'inchiesta, oltre che l'esame delle questioni politiche più rilevanti.

I Gruppi consiliari sono articolazioni interne del Consiglio regionale, composte da consiglieri aggregati sulla base dell'appartenenza politica. Ogni gruppo consiliare elegge un capogruppo che partecipa alla Conferenza dei Capigruppo. I Gruppi consiliari della XIII Legislatura sono sei: Alpe, Fédération Autonomiste, Il Popolo della Libertà, Partito Democratico, Stella Alpina-UdC-Vda, Union Valdôtaine.

Le Commissioni consiliari sono cinque: si tratta di organi collegiali ristretti che svolgono, rispetto all'assemblea plenaria, funzioni preparatorie, sul presupposto che un'assemblea elettiva titolare della funzione legislativa non possa discutere progetti di legge, se non dopo un previo esame e in base ad una relazione di una sua commissione. Le Commissioni consiliari si riuniscono in sede referente e consultiva. Le sedute non sono pubbliche, tuttavia, in particolari circostanze o per la trattazione di temi di rilevante interesse generale, le Commissioni possono decidere di tenere riunioni aperte al pubblico.

Nel corso del 2012, sono state istituite due Commissioni speciali: la Commissione speciale per l'esame del fenomeno delle infiltrazioni mafiose in Valle d'Aosta, nominata dal Consiglio regionale il 22 febbraio 2012, e la Commissione speciale per la rideterminazione degli indirizzi programmatici del sistema di gestione dei rifiuti, costituita il 5 dicembre 2012.

Vi è poi la Commissione Regolamento, organo composto da un rappresentante di ciascun Gruppo consiliare e presieduto dal Presidente del Consiglio. Tra le sue competenze la proposta di modificazioni al Regolamento interno del Consiglio, che l'esperienza dimostra necessarie, oltre che l'interpretazione del Regolamento.

Ufficio di Presidenza. Nel 2012, l'Ufficio di Presidenza si è riunito 27 volte, per un totale di 24 ore e 45 minuti, adottando 180 delibere.

Nel corso dell'anno, la Conferenza dei Capigruppo si è riunita 25 volte, per un totale di 9 ore e 30 minuti.

L'attività delle Commissioni consiliari permanenti e delle Commissioni speciali è esplicitata nella sezione "Attività delle Commissioni" sotto "L'attività del Consiglio".